De Kleine Kerk te Halfweg is ingrijpend gerenoveerd, intern gemoderniseerd en vergroot (verdubbeling van de zijbeuk) naar aanleiding van de fusie tussen de Gereformeerde Kerk en de Hervormde Gemeente enkele jaren geleden. De Kleine Kerk is gebouwd in 1925 en is gemeentelijk monument.
Deze architectonisch zeer interessante, bijzondere kerk (architect J.A. Smits), werd sinds het locale SOW/PKN proces “Kleine Kerk” genoemd, tegenover de Gereformeerde “Grote Kerk” van Tj. Kuipers.
Op termijn wilde de PKN Halfweg-Zwanenburg alleen deze “Kleine Kerk” handhaven, die hiertoe vanaf ± eind 2009 tot voorjaar 2011 in restauratie c.q. herinrichting is geweest. Vertraging in uitvoering van deze plannen is ontstaan i.v.m. het feit, dat dit alles moet worden gefinancierd uit de opbrengst van de (op termijn te slopen) Gereformeerde “Grote Kerk”.
De Grote Kerk aan de Amsterdamsestraatweg in Halfweg gaat tegen de vlakte. De gemeente Haarlemmerliede en Spaarnwoude heeft een sloopvergunning afgegeven. Het voormalige gereformeerde kerkgebouw is verkocht aan aannemer BadhoeveBouw te Badhoevedorp. Op de plaats van de kerk komt een complex met 24 appartementen. Met de opbrengst en eigen kapitaal heeft de protestantse gemeente inmiddels de Kleine Kerk –van origine van de hervormde gemeente en eveneens in Halfweg– gerenoveerd en uitgebreid
De gereformeerde kerk van Halfweg-Zwanenburg en de hervormde gemeente van Houtrijk en Polanen vormen sinds enkele jaren samen de protestantse gemeente te Halfweg-Zwanenburg. De gemeente telt één predikantsplaats. De zondagse kerkdienst wordt door zo’n 125 personen bezocht.

De gereformeerde kerk van Halfweg is opgericht in 1881. De gemeente vergaderde tot 1890 in een houten kerkje in Zwanenburg met circa 90 zitplaatsen, van 1890 tot 1919 in een stenen kerk in Halfweg met 300 zitplaatsen en sinds 1919 in het huidige kerkgebouw, de zogenaamde Grote Kerk met 650 zitplaatsen. In 1976 werd nog een renovatie en uitbreiding doorgevoerd. De Kleine Kerk aan de Wilhelminastraat in Halfweg met 350 zitplaatsen is in 1925 gebouwd. Het kerkgebouw is sinds 2005 een gemeentelijk monument.